Comparaison des méthodes d’extraction d’ADN génomique du dromadaire et étude phénotypique

Abstract

En Algérie, les populations camelines sont mal décrites et la variabilité phénotypique est relativement peu étudiée. Une étude sur la caractérisation phénotypique dans la région d’Ouargla a été réalisée sur 41 dromadaires adultes femelles de la population « sahraoui ». Et ce par le biais d’une enquête auprès des chameliers et des mesures morpho-métrique portant sur 20 mensurations. Par ailleurs, des prélèvements sanguins pour l’extraction de l’ADN génomique ont été effectués, l’objectif est de comparer différents protocoles expérimentaux, sur le plan rendement, rapidité, qualité et quantité d’ADN. Cela permet de décrire la méthode la plus adaptée aux particularités du dromadaire, et de contribuer à la constitution d’une banque d’ADN pour une étude ultérieure de la diversité génétique des populations. L'analyse en composante principale ACP et la classification ascendante hiérarchique CAH pour les caractères de mensuration quantitatifs, ont reflétées une corrélation positive entre les mensurations et ont permis une classification en 3 groupes des animaux, et ce malgré que les différences entre les classes ne sont pas importantes.Une caractérisation phénotypique secondaire basée sur les critères zootechniques est nécessaire. L’extraction de l’ADN par la méthode au NaCl est préférable de point de vue sa fiabilité, sa facilité et sa simplicité. Elle nous a permis de récupérer un ADN de bon rendement et de bonne qualité, déterminés par la mesure spectrophotométrique et par l’électrophorèse sur gel. La méthode à la guanidine n’a pas montré son efficacité pour la majorité des échantillons de dromadaire. Néanmoins, nous ne pouvons pas conclure qu’elle est inappropriée pour ce type d’échantillons. Des essais sur un nombre plus important d’échantillons et une optimisation de la méthode sont nécessaires afin de pouvoir tirer des conclusions consistantes. L’identification du patrimoine génétique par le biais des études moléculaires de l’ADN est d’importance majeure pour la caractérisation et l’étude de variation génétique des populations camelines du pays.

In Algeria, camel populations are poorly described and phenotypic variability is relatively little studied. A study on phenotypic characterization in Ouargla region was carried out on 41 adult female camels from the Sahrawi population . Collection of data from breeders and 20 morphometric measurements have been done. Furthermore, blood samples for the extraction of genomic DNA were collected, the objective is to compare different experimental protocols, in terms of yield, speed, quality and quantity of DNA. This to describe the most adapted method to the peculiarities of the dromedary, and to contribute to the constitution of a DNA bank for the subsequent study of the genetic diversity of the camel populations. The main component analysis PCA and the hierarchical ascending classification CAH for the quantitative measurement characteristics, reflected a positive correlation between the measurements and allowed a classification of 3 groups of animals, although the difference between them is not important . A secondary phenotypic characterization based on zootechnical criteria is needed. DNA extraction by the NaCl method is preferable. This is a simple and a reliable method, it provides a good yield and quality of DNA, determined by spectrophotometric measurement and by gel electrophoresis. The guanidine method has not shown its effectiveness for the majority of camel samples. However, we cannot conclude that it is inappropriate for this type of sample. Tests on a larger number of samples and an optimization of the method are necessary in order to have a consistent conclusions. A genetic identification through molecular DNA studies is of major importance for the characterization and study of genetic variation in camel populations in the country.

في الجزائر، لم يتم وصف قطعان اإلبل بشكل دقيق، كما أن التباين الظاهري لم يتم دراسته نسبيًا. من خالل هذا العمل قمنا بدراسة حول التوصيف الظاهري في منطقة ورقلة على 41 إبل بالغة من قطيع الصحراوي. و ذلك بإجراء استبيان لدى مربي قياسا. ً اإلبل ،و أخذ قياسات شكلية مقدرة بـ 20 باإلضافة إلى ذلك ،تم أخذ عينات دم الستخراج الحمض النووي الجيني ،والهدف هو مقارنة البروتوكوالت التجريبية المختلفة ،من حيث العائد والسرعة والجودة وكمية الحمض النووي من أجل وصف الطريقة األكثر مالئمة لخصوصيات الجمل، والمساهمة في تكوين بنك DNA يمكننا ال حقا من دراسة التنوع الجيني لقطعان اإلبل في البالد. ارتبا إيجابيًا بين ًط يعكس تحليل المكون الرئيسي PCA و التصنيف الهرمي التصاعدي CAH لخصائص القياس الكمي ا القياسات ويسمح بتصنيف 3 مجموعات من الحيوانات ،على الرغم من أن االختالف بينهم ليس كبير. لذلك من الضروري توصيف النمط الظاهري الثانوي على أساس معايير االنتاج الحيواني. يُفض استخراج الحمض النووي بطريقة كلوريد الصوديوم فعاليته وسهولة. ،فقد سمحت لنا باستعادة عائد جيد ونوعية جيدة من الحمض النووي ،و التي تم تحديدها عن طريق القياس الطيفي والرحالن الكهربائي للهالم. لم تظهر طريقة الغوانيدين فعاليتها بالنسبة لغالبية عينات اإلبل. ومع ذلك ،ال يمكننا أن نستنتج أنها غير مناسبة لهذا النوع من العينات. االختبارات على عدد أكبر من العينات وتحسين الطريقة ضروريان من أجل التمكن من استخالص استنتاجات مؤكدة. يعد تحديد التركيب الجيني من خالل دراسات الحمض النووي الجزيئي ذا أهمية كبيرة لتوصيف و دراسة التباين الجيني في تجمعات اإلبل