Revue bibliographie des méthodes moléculaires actuelles utilisées pour l’étude des souches de BNL associées aux différents genres de la famille des Fabaceae

Abstract

The following research consists of reviewing the different molecular techniques currently used around the world. For the study of molecular diversity of the nodulating Bacteria the legumes (BNL) are associated with the different species of genes of the Fabacese family. In this bibliographical work, we have reviewed the evolution of molecular techniques over the past decade which have shown that the Multi Locus Sequence Analysis (MLSA) technique seems to be the most widely used and the most appropriate for the economic considerations as well. This technique is based on the phylogeny of 16S rRNA and housekepping genes proved to be the most appropriate according to the precision it gives on the taxonomic position of the BNL, therefore, the most used. After a critical analysis of the evolution (2009 to 2021) of the use of the molecular techniques around the world, this modest work helped to highlight the importance of the 16s RNA marker in the determination of genera. whereas the housekeeping genes make it possible to specify the taxonomic position at the level of species, in fact the study of molecular diversity of BNL strains associated with the retama genre (Gemistae tribe), In which, molecular markers of the inter genic (IGS) species were used of 16S rDNA gene even associated with Symbiotic gene nif H and nodC did not permit for a significant genetic differentiation of Rhizobia population and, therefore, only Bradyrizobium gene could be identified. As BNL associated with Retama genre (Genistae tribe) in northern Algeria. Furthermore, another work studying the molecular diversity of BNL strains isolated from root nodules of different genera Fabaceae (Angynolobium uniflorum, Lotus creticus, Medicago stavia), in Tunisia and (Lotus arabicus) in Senegal. The 16S RNAr and the nodulation genes could not exceed clusters of the Ensifer genre. The taxonomique position (Ensifen meliloti, E. Terangue and E.adharemes) of the species was only possible through DNA/DNA hybridization. Recently, the study of the molecular diversity of BNL straines associated with the some spontaneous species (Genistae tribe) in the Algerian Sahara the phylogenetic analysis of sequences of the 16S RNAr genes plus of the housekeeping genes (rec A and atpD) has allowed the affiliation isolated strains to the species scale, as follows. E. Meliloti LMG 6133T, N. Galege LMG 6214T, N. alkalisoli and M. camelthorni CCNWXJ404T (Figure 15). Similarly using the same markers, 16S RNA and rec A et atpD) a work achieved in China has identified a new strain R.Changzhienze WXCCWR 11278T associated with the cultivated fabaceae Vicia stavia L.Le

présent travail consiste à passer en revue les différentes techniques moléculaires utilisées, actuellement, a travers le monde, pour l‟étude de la diversité moléculaires des Bactéries Nodulant les Légumineuses (BNL) associées aux différentes espèces et genre de la famille de Fabaceae. Dans ce travail bibliographique, nous avons passé en revue l‟évolution des techniques moléculaires durant cette dernière décennie, qui ont fait ressortir que la technique „‟ Multi Locus Sequence Analysis (MLSA) „‟ semble être la plus utilisée et la mieux appropriée, aussi pour des considérations économiques. Cette technique se basant sur la phylogénie des gènes ARN 16S et des gènes de ménages s‟est révélée la mieux appropriée vu la précision qu‟elle donne sur la position taxonomique des BNL, et par conséquent, la plus utilisée. Après analyse critique de l‟évolution (2009 à 2021) de l‟utilisation des techniques moléculaire à travers le monde, ce modeste travail a permis de mettre le point sur l‟importance du marqueur ARN16S dans la détermination des genres, alors que les gènes de ménage permettent de préciser la position taxonomique au niveau de l‟espèce. En effet, l‟étude de la diversité moléculaire des souches de BNL associées au genre Retama „‟tribu des Genistae’’, dans laquelle, ont été utilisés des marqueurs moléculaire de l'espace inter génique (IGS) du gène de l'ADNr 16S, même associées aux gènes symbiotiques nifH et nodC, n‟a pas permis une différenciation génétique significative des populations de rhizobiums, et donc, seul genre Bradyrizobium a pu être identifié comme BNL associées au genre Retama (tribu des Genistae) dans le nord d‟Algérie. Par ailleurs, selon un autre travail étudiant la diversité moléculaire des souches de BNL isolées des nodosités des racines de différents genres de Fabaceae (Argyrolobium uniflorum, Lotus creticus, Medicagosativa) en Tunisie et (Lotus arabicus) au Sénégal, il s‟avère que le gène ARNr 16S et le gène de nodulation nodA n‟ont pas pu dépasser des clusters du genre Ensifer. Et la position taxonomique (Ensifer meliloti, E. teranguae et E. adhaerens) des espèces n‟a été possible que grâce à l‟hybridation ADN/ADN. Récemment, l‟étude de la diversité moléculaire des souches de BNL associées aux quelques espèces spontanées à „‟tribu des Genistae’’ dans le Sahara d‟Algérie, dans laquelle l‟analyse phylogénétique des séquences du gène de l‟ARNr 16S additionnée des gènes de ménage (recA et atpD) a permis l‟affiliation des souches isolées à l‟échelle espèce, à savoir, E.meliloti LMG6133T, N.Galegae LMG6214T , N.alkalisoli et M. camelthorni CCNWXJ404T (figure 15). De même et en utilisant les même marqueurs (ARN 16S et gènes de ménage recA et atpD) , un travail réalisé en chine a permis d‟identifier une nouvelle souche R.changzhiense WYCCWR 11279T associée à la Fabaceae cultivée Vicia sativa L.