Recherche de souches bactériennes locales productrices de substances antimicrobiennes : isolement, sélection, identification des souches actives et caractérisation partielle des substances bioactives.

Abstract

This study investigates the isolation and taxonomy of a few Actinomycetes (Actinobacteria), as well as their antagonistic properties, extraction and partial characterization of the secreted antibiotics. A total of 112 strains of actinobacteria were isolated from soils from three ecosystems in the Ouargla region: a palm grove, Chott and Sebkha. Two isolates encoded ITA1 and I4 were selected for their important antagonist properties against 16 target germs. The taxonomic identification by a polyphasic approach based on morphological, chemotaxonomic, physiological and molecular analyzes allowed the strain ITA1 to be attached to the species S. fradiae, the isolate I4 to the genus Streptomyces sp. The production kinetics of antibiotics reveals that the maximum production is on the 5th to 6th day of incubation for ITA1, and on the 6th day for I4. The optimization of the antibiotic production of strain I4 on M2 medium reveals that the final medium is optimized with: 0.2 g / l of casein, 14 g / l of soluble starch, 3 g / l of NaCl, and that the activity increases to 33 mm instead of 18 mm in the non-optimized medium. Optimization of Bennett medium showed that the final medium is optimized with: casamino acid = 2.1717 g / l, E. yeast = 1.0768 g / l and E. meat = 1.0202 g / l. The extraction of the antibiotics secreted by the different strains shows that n-butanol is the best solvent for ITA1 and hexane for I4. The partial characterization by TLC reveals better separation with the BAEM system (6 / 1.5 / 2), the chemical revelation shows the presence of carbohydrate and protein fractions in the antibiotics of the ITA1 strain and the presence of the carbohydrate fractions in The antibiotics of strain I4. Bioautography reveals the presence of active spot in the extracts of the two strains. Key words: Actinobacteria, Sahara, Ouargla, Streptomyces, Taxonomy, antimicrobial activity, RSM, antibiotics

La présente étude s’intéresse d’une part à l’isolement et taxonomie de quelques souches d’actinomycètes (Actinobacteria) et d’autres parts à leurs propriétés antagonistes, l’extraction et la caractérisation partielle des antibiotiques sécrétés. Un total de 112 souches d’actinobactéries ont été isolées à partir de sols provenant de trois écosystèmes de la région de Ouargla : il s’agit d’une palmeraie, d’un Chott et d’une Sebkha. Deux isolats codés ITA1 et I4 ont été sélectionnés pour leurs propriétés antagonistes importantes vis-à-vis de 16 germes cibles. L’identification taxonomique par une approche polyphasique basée sur les analyses morphologiques, chimiotaxonomiques, physiologiques et moléculaires a permis de rattacher la souche ITA1 à l’espèce S. fradiae, l’isolat I4 au genre Streptomyces sp. La cinétique de production des antibiotiques révèle que la production maximale est au 5 et 6 ème jour d’incubation pour ITA1, et au 6ème jour pour I4. L’optimisation de la production d’antibiotique de la souche I4 sur le milieu M2 révèle que le milieu final est optimisé avec : 0.2 g/ l de caséine, 14 g/l d’amidon soluble, 3 g/l NaCl, et que l’activité passe à 33 mm au lieu de 18 mm dans le milieu non optimisé. L’optimisation de milieu Bennett a montré que le milieu final est optimisé avec casaminoacide= 2.1717 g / l, E. levure = 1.0768 g / l et E. viande=1.0202 g / l. L’extraction des antibiotiques ecrétés par les différentes souches montre que le n-butanol est le meilleur solvant pour ITA1 et l’hexane pour I4. La caractérisation partielle par CCM révèle une meilleure séparation avec le système BAEM (6/1,5/2), la révélation chimique montre la présence de fractions glucidiques et protéiques au niveau des antibiotiques de la souche ITA1, et la présence des fractions glucides dans les antibiotiques de la souche I4. La bioautographie révèle la présence de taches actives dans les extraits des deux souches.